ישיבת המקדש קמה בעיר הקודש ירושלים מתוך שאיפה להצמיח תלמידי חכמים הבקיאים בהלכות מקדש וקודשיו, דורשי מקדש וגאולה, ולהאיר לעם ישראל את תודעת המקדש. בישיבה יש גם השקעה רבה בהתפתחות העצמית של עבודת ה', לימוד תורה ותיקון המידות, בשמחה:)
הלימוד בישיבה הוא על מנת לעשות, כמאמר המשנה באבות "הלומד על מנת לעשות, מספיקין בידו ללמוד וללמד לשמור ולעשות", וכחלק מכך נעשים גם מחקרים מעשיים על מנת להוריד את הלימוד למעשה, כמו הפקת שמן טהור למנורה, טיגון מנחות באופנים שונים, סיור למקום שריפת הפרה האדומה ועוד.
בסדר בוקר – לומדים בעיון את המסכתות והסוגיות העוסקות בעבודת הקורבנות, בבית המקדש ובטהרות, ובסדר צהריים – מקיפים בבקיאות את הש"ס, והמעוניינים לומדים לקראת מבחני ההסמכה לרבנות. סדר ערב מוקדש בישיבה ללימוד הלכות אורח חיים, אמונה וחסידות.
מספר פעמים בשנה נערכים במסגרת הישיבה ימי עיון העוסקים בחידוש עבודת המקדש והקרבנות.
